Процедура назначается в случае:
- расхождения свидетельских показаний участников процесса;
- отсутствия доказательной базы и улик.   
   
Важным обязательством полиграфолога является  ответственность за написание заключения  для следствия, которое будет иметь статус полноценного доказательства вины или невиновности подсудимого, вне зависимости от того, кто подвергался детекции лжи — обвиняемый, свидетель, истец, ответчик и т. д.
Заключение специалиста-полиграфолога является полновесным доказательством, которое предоставляется на рассмотрении дела.

В каких случаях запрещена процедура проверки с использованием  полиграфа:
1. Если субъект недееспособен.
2. Если субъект пребывает в алкогольном или наркотическом опьянении,
либо под действием транквилизаторов.
3. Если субъект женского пола находится в положении на большом сроке.
4. Если субъекту не исполнилось 14 лет (с 14 до 18 лет процедура
возможна лишь с письменного согласия родителей).
5. Если субъект находится на грани физического или эмоционального 
истощения.
6. Если у субъекта наблюдается усугубление заболеваний сердечно-
сосудистой, либо дыхательной системы.
7. Если полиграфолог каким-то образом заинтересован в исходе дела.

Привлечение эксперта к расследованию по ходатайству защиты:  сторона защиты имеет полное право на сбор доказательной базы в пользу невиновности подозреваемого, в том числе, и на проведение психофизиологического исследования.

Приготовление к процедуре:
Следователь готовит назначение специалисту, который будет руководить процедурой, а уведомляет его об этом. (Постановление о проведении процедуры).
Следователь должен ознакомить полиграфолога со всеми обязательствами, которые тот несет, становясь участником процесса (уголовная ответственность за дачу ложных показаний и т. д.).
Если инициатива о назначении психофизиологического исследования исходит от  защиты, то адвокат заполняет специальный запрос на ее осуществление.
Проследить за ходом исследования имеет право следователь, ведущий дело. Кроме того, на это могут претендовать судьи и прочие лица, причастные к процессу. Но подобная практика осуществляется редко, так как присутствие посторонних лиц отвлекает внимание тестируемого.

Правила проведения исследования с применением полиграфа:
Необходимо задавать вопросы, на которые можно дать однозначные короткие положительные или отрицательные ответы («да» или «нет»), но никоим образом нельзя вопросом подсказывать опрашиваемому правильный (выгодный для него) ответ.
За время проведения процедуры вопросы могут задаваться по нескольку раз один и тот же, меняться по темам.
Процедура не должна длиться более трех часов подряд.
Заключение, подготовленное специалистом, рассматривается следствием с точки зрения его компетентности и осведомленности в деле.
На подготовку  заключения дается 2 рабочих дня.

В заключении специалиста-полиграфолога содержится следующая информация:
- Число, месяц, год, время и адрес места проведения процедуры;
- Причины для проведения процедуры;
- Фамилия и имя,  должность лица, предписавшего проведение процедуры;
- Заявление от полиграфолога с согласием нести ответственность за дачу ложных показаний;
- Цели, которые специалист ставит перед проведением процедуры;
- Информация о предоставленных материалах следствия;
- Сведения о присутствующих на процедуре, помимо  полиграфолога и проверяемого;
- Подробные данные о личности, над которой проводится  исследование: его фамилия и имя, возраст,  образование, специализация, должность, время работы и пр.;
-Ответы на вопросы, которые задаются лицу, подвергающемуся процедуре, связанные  непосредственно с причиной проведения процедуры;
- Результаты исследования с упоминанием использованных методик;
- Отчет специалиста о процедуре в целом: достигнуты ли поставленные цели и задачи, однозначны ли результаты и т. д.